Hầu hết các tổ chức tôn giáo lớn ở Nam Phi không thực hiện hôn nhân đồng giới ở nơi thờ cúng của họ.

• Kitô giáo
  • Nhà thờ Cải cách Hà Lan - Nhà thờ Cải cách Hà Lan ban phước cho các công đoàn đồng giới và cho phép giáo sĩ đồng tính. Vào năm 2015, Đại hội đồng, với đa số 64%, đã quyết định công nhận các liên minh dân sự, trong khi tiếp tục xác định hôn nhân là một liên minh dị tính nghiêm ngặt, ban phước cho mối quan hệ của các cặp đồng giới và cho phép các bộ trưởng và giáo sĩ đồng tính (không bắt buộc sống độc thân). Quyết định ảnh hưởng đến 9 trong số 10 synod; với Thượng nghị viện Namibia bị loại trừ.[54] Quyết định này gây ra phản ứng dữ dội và phản đối, dẫn đến việc nó bị đảo ngược khoảng một năm sau đó. Một tá thành viên nhà thờ sau đó đã đưa giáo phái ra tòa để khôi phục quyết định năm 2015. Năm 2019, Tòa án tối cao Bắc Gauteng đã đảo ngược quyết định, cho phép các công đoàn đồng giới được nhà thờ ban phước.[55][56]
  • Giáo hội Anh giáo – Giáo hội Anh giáo không cho phép kết hôn đồng giới. Chính sách hôn nhân của nó nói rằng "hôn nhân thánh là sự kết hợp trọn đời và độc quyền giữa một nam và một nữ". Năm 2016, nó đã bỏ phiếu chống lại các công đoàn đồng tính. Quyết định đã chia rẽ nhà thờ, với một số giáo phận quyết định dù sao vẫn tiến hành với sự ban phước của các mối quan hệ đồng tính, đặc biệt là Giáo phận Vịnh Saldanha.[57] Đức Tổng Giám mục Thabo Makgoba bày tỏ sự thất vọng với quyết định này, cũng như cựu Tổng Giám mục Njongonkulu Ndungane. Cựu Tổng Giám mục Desmond Tutu ủng hộ sự ban phước của các cặp đồng giới.[58]